O Secretariado Galego é o principal órgano executivo de Nova Escola Galega. Encárgase de desenvolver o programa de actuación aprobado pola Asemblea Xeral, á que debe dar conta da súa xestión.
Este Secretariado está conformado por Presidencia, Vicepresidencia, Secretaría, Tesouraría, cinco vogais e máis un/unha vogal representante de cada un dos grupos de traballo ou colectivos constituídos formalmente no seo de Nova Escola Galega, incluída a dirección da Revista Galega de Educación.
Os cargos do secretariado renóvanse cada catro anos, podendo ser reelixidos por dous períodos máis de dous anos cada un. As candidatas e candidatos deben ser asociadas/os con todos os dereitos na asociación.
As persoas integrantes do Secretariado reúnense de xeito mensual, e toman as decisións necesarias por maioría de votos. Tamén poden desenvolverse xuntas extraordinarias do Secretariado, convocadas pola Presidencia ou a petición dun terzo dos seus membros.